Définition
Les Centres nationaux de référence (CNR) sont des observatoires des maladies transmissibles. Ils centralisent les informations à l’échelle nationale et participent à la lutte contre ces maladies. Ce sont des laboratoires experts en microbiologie.
Les CNR sont situées au sein d’établissements publics ou privés de soins, d’enseignement ou de recherche. Ils sont désignés par arrêté du ministère en charge de la santé pour 5 ans. Leur reconduction est soumise à une évaluation faite par un comité des CNR placé sous la responsabilité du directeur général de l’Institut de veille sanitaire. Leurs missions et leur cahier des charges sont également définis par arrêté du ministère en charge de la santé.
Missions
Dans le cadre des missions définies par l’arrêté du 29 novembre 2004 (fixant les modalités de désignation et les missions des CNR), les CNR des Escherichia coli, des Shigella et Salmonella ont été regroupés selon l’arrêté du 26 décembre 2011 en un seul CNR pour la période 2012-2016. Ce CNR comporte un CNR associé situé à l’hôpital Robert-Debré (service de microbiologie) qui est dédié à la surveillance des infections à Escherichia coli (E. coli) entérohémorragique chez l’enfant en particulier au cours du Syndrome Hémolytique et Urémique (SHU) et des infections méningées à E. coli chez le nouveau-né.
Les missions spécifiques du CNR associé E. coli, telles que définies par l’InVS en janvier 2011 sont :
Infections digestives
Pour les E. coli responsables d’infections digestives :
- Apporter une expertise microbiologique pour le diagnostic des infections à E. coli entérohémorragiques (EHEC) (diagnostic par PCR, isolements et caractérisation moléculaire des souches)
- Contribuer à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’Institut de veille sanitaire en transmettant à l’InVS, en temps réel, des résultats concernant les infections à EHEC, en participant à l’investigation de cas groupés (typage des souches, comparaison de souches isolées chez les malades et dans d’autres sources, etc.) et en contribuant aux réseaux de surveillance internationaux et en particulier européens notamment dans le cadre de l’application de la directive zoonoses 2003/99/CE,
- Contribuer à l’alerte en signalant à l’Institut de veille sanitaire tout événement inhabituel : augmentation du nombre de cas, modification des formes cliniques (répartition, modification de leur expression clinique, formes inhabituelles) ; survenue de cas groupés, apparition de souches inhabituelles, etc.
Méningites néonatales
Pour les E. coli responsables de méningites néonatales :
- Apporter une expertise microbiologique en mettant en oeuvre des techniques de typage des souches permettant de les caractériser et en apportant une expertise pour une aide au diagnostic des méningites décapitées par antibiothérapie.
- Contribuer à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’Institut de veille sanitaire en développant un réseau de surveillance basé sur les laboratoires correspondants hospitaliers permettant de constituer une banque de souches isolées dans le LCR et de suivre l’évolution des caractéristiques de ces infections et leurs facteurs de risque (létalité, séquelles neurologiques, etc.).
- Contribuer à l’alerte en signalant à l’Institut de veille sanitaire tout événement inhabituel : augmentation du nombre de cas, cas groupés, formes cliniques ou souches inhabituelles, etc.